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平成１７年３月７日に新しい不動産登記法が施行され，オンライン庁に指定された登記所においては，権利証（登記済証）の制度が廃止されました。そして，権利証に変わるものとして，「登記識別情報」というものが通知されることになりました。
「登記識別情報」とは，登記名義人が登記を申請する場合に，当該登記名義人自らが当該登記を申請していることを確認するために用いられる符号その他の情報で，登記名義人であることを識別できるものであり，アラビア数字その他の符号の組み合わせにより，不動産及び登記名義人となった申請人ごとに定めるものとされています。
分かりやすくいうと、今までは「権利証を持っていた人」が登記名義人であると推定されていたのに対し，改正により，「登記識別情報を知っている人」が登記名義人であると推定されるようになったのです。ただ実際のところ，登記識別情報も通常は紙に記載されており（他の人に見られないように，符号のところには目隠しのシールが貼ってあります），その紙を厳重に管理しなければならないという点では，従来とあまり変わりません。
なお，未だにオンライン庁に指定されていない登記所では，従来どおり，権利証が交付されます。

平成１７年の不動産登記法の改正により，保証書制度が廃止され，代わりに，事前通知制度及び資格者代理人による本人確認情報提供制度が新設されました。
事前通知制度とは，登記申請に権利証の添付がなかった場合に，登記所が登記義務者（本来権利証を提出すべきだった人）に申請された登記の内容が間違いないかどうかを確認し，登記義務者から間違いない旨の申し入れを受けて，登記を実行するというものです。
資格者代理人による本人確認情報提供制度とは，登記申請に権利証の添付がなかった場合に，原則は上記のとおり事前通知がなされるのですが，司法書士や弁護士などの資格者代理人が，その登記義務者が本人に間違いないことなど適切な本人確認情報を提供した場合には，その資格者の責任を持って，事前通知が省略され，権利証を提出した場合と同じように登記が実行されるというものです。
事前通知制度は，特にコストがかからない点はメリットですが，登記所から登記義務者への意思確認を待って登記が実行されるため，登記が実行される時期が遅れてしまうというデメリットがあります。
資格者代理人による本人確認情報提供制度は，権利証を添付した場合と同じ期間で登記が実行される点がメリットですが，資格者代理人の本人確認情報の提供について，別途費用が発生してしまうという点がデメリットです。
権利証を無くしてしまった場合，時間かお金か優先順位をしっかりと定めた上で，申請代理人の司法書士とどちらの手続きを選択するのがいいでしょう。